Аллельді емес гендер – бұл хромосомалардың әртүрлі бөліктерінде орналасқан және тең емес ақуыздарды кодтайтын гендер. Аллельді емес гендер де сондай-ақ өзара әрекеттесе алады.

Бұл жағдайда бір ген бірнеше белгілердің дамуын анықтайды, немесе, керісінше, бір белгі бірнеше гендердің жиынтығының әсерінен көрінеді. Аллельді емес гендердің өзара әрекеттесуінің келесі формалары бөлінеді: сәйкестік, эпистаз, полимерия, плейотропия.