Жұп таңдауда ойлаған мақсатқа жету үшін оның мынадай негізгі қағидаларын әр уақытта басшылыққа алу керек:
1) Мақсаттық – әрбір жұп таңдауда селекционердің алдына қойған мақсаты болу керек. Көздеген мақсаты қолдағы бар аналық және аталық мал мүмкіншіліктеріне және өсіру жағдайына сәйкес болғаны жөн;
2) Табындағы таңдап алған малдың, алға қойған мақсатқа қаншалықты сәйкес келетіндігін, жақсы-жаман жақтарын анықтап алу керек. Әсіресе еркек тұқым малының өнімділігіне аса үлкен мән беріледі;
3) Ең таңдаулы тұқым малын мейлінше толық пайдалану;
4) Сұрыптау негізінде қол жеткен табыстарды келесі ұрпақта жоғалтпау, мүмкіншілігінше одан әрі жетілдіру, ұрпақтан ұрпаққа бекіту;
5) Туыстас малды өзара кездейсоқ, жүйесіз шағылыстыруға жол бермеу, ал қажет болған жағдайда ғылыми негізде ретті пайдалану;
6) Бірнеше ұрпақтар бойынша белгілі бір бағытта жұп таңдау жүйесін ұйымдастыру.
Мал тұқымын асылдандыру тәжірибесінде жұп таңдаудың жалпы мақсаты біреу - әр келесі ұрпақтың сапасын, алдыңғысынан арттыру, яғни малдың өнімділігін ұрпақтан ұрпаққа жақсарту болғанымен, нақтылы жұп құрудың принциптері, тәсілдері әр түрлі болады.
Мұның басты себебі кез келген табындағы мал әр түрлі болады, тіпті басқа ерекшеліктерін қойғанда бірінің өнімі жақсы, жоғары, бірінің өнімі төмен, нашар болады.
Мал шаруашылығындағы жұп таңдаудың негізгі принципі біртекті немесе гомогендік және әртекті немесе гетерогендік деп екі түрге бөлінеді.
Біртекті немесе гомогендік жұп таңдау дегеніміз – өнімдік қасиеттері ұқсас малды шағылыстыру. Біртекті, яғни гомогендік жұп таңдау арқылы селекционердің шешетін негізгі мәселелеріне, аталық пен аналықтың ұнамды ұқсас қасиеттерін ұрпақтан ұрпаққа бекіту, ұнамды қасиеттерге аддитивтік әсер ететін гендердің санын және олардың гомозиготалылығын арттыру арқылы, құнды белгіні одан әрі жетілдіру және ұнамды топтардың малын көбейту жатады.
Әртекті, яғни гетерогендік жұп таңдау деп өнімділік қасиеттерінде, тегінде айырмашылықтары бар, аталық және аналық малды шағылыстыру арқылы төл алу. Гетерогендік жұп таңдауды қолданғанда көздейтін негізгі мақсат ата-енелерінен өзгеше төл алу. Гетерогендік жұп таңдаудың құндылығы да, осалдығы да осында. Құндылығы – ол келесі ұрпақтағы өзгешеліктің пайда болуы. Мысалы, келесі ұрпақта ата-енелеріне тән кемшіліктің жөнделуі, немесе ата-енелерінің әрқайсысындағы ұнамды қасиеттердің келесі ұрпақта бірігуі, немесе ата-енесінде жоқ әртүрлі өнімдік қасиеттердің ұнамды және жаңа бірлестігінің пайда болуы. Міне, мұның бәрі алынған ұрпақтың өнімдік сапасын арттырады, сұрыптау мүмкіншілігін кеңейтеді. Әртекті жұп таңдаудан алынған төлдің гетерозиготалығы өседі де, оның жалпы нәсілдік қасиеті кемиді. Осыған орай алынған төл өміршең және оларда көптеген өнімділік белгілері бойынша гетерозис құбылысы жиі кездеседі. Әртекті жұп таңдауда алға қойған мақсатқа жету үшін ұнамды өнімдік белгілері бар малдың тұқымдық қасиетінің басым болуына қолайлы жағдай туғызады. Әдетте ондай малдың препотенттігі жоғары болу керек. Малдың препотенттігін оның ата-тегіне, ұрпағының сапасына қарап анықтайды.
Жұп таңдаудың екі түрі де, сұрыптау әсерін селекция бағытында күшейте түседі. Әртекті жұп таңдау белгілер өзгергіштігін күшейтіп, сұрыптау мүмкіншіліктерін кеңейтсе, біртекті жұп құру таңдап алған белгілерді ұрпақтан ұрпаққа бекітеді.
Жұп таңдау принципін іс жүзінде қолдану тәртібіне қарай, жекелеп және топтап жұп таңдау болып екіге бөлінеді.
Жекелеп жұп таңдағанда, мысалы, әр саулықтың өнімділік сапасына, тегіне сәйкес келетін және екеуінен қажетті шамадағы төл алынады деп, табылған қошқар жұптасады. Жұп таңдауды жүргізу үшін, алдын-ала арнайы қой ұрықтандырудың журналы жасалынады. Жекелеп жұп таңдауды қолдану дәрежесі, өсіріп отырған түліктің түріне де байланысты. Ол негізінен сиыр, шошқа, жылқы және қой тұқымдарын өсіргенде кең қолданылады.
Топтап жұп таңдау деп жалпы өнімділігі немесе кейбір жекелеген ерекшеліктері ұқсас, бір топ саулыққа бір немесе екі қошқарды белгілеуді айтады. Сол сияқты ірі қарада бір табынға, бір немесе екі бұқаны бекіту, жылқыда бір үйірге бір айғыр салу, топтап жұп таңдаудың нақтылы мысалдары болып саналады. Топтап жұптауды негізінен өндірістік шаруашылықтардың табынында кең қолданады. Айта кететін бір мәселе, топтап жұп таңдауды қолданғанда өнімдік ерекшеліктерімен қатар, малдың шығу тегі – генетикалық ұқсастығы есепке алынады.
Сонымен, қорыта айтқанда, алынған төлдің өнімдік сапасы ата-енелерінің өнімдік қасиеттеріне байланыстылығы ғылым мен тәжірибеде толық дәлелденген.