Систематика (грекше systema – бүтін, бөліктерден тұратын; systematicos – реттелген) – микроорганизмдерді жан-жақты сипаттаумен, олардың арасындағы туыстық дәрежесін анықтаумен және бір-біріне бағынышты топтарға бөлумен айналысатын биологиялық ғылым. Систематиканың мақсаты – классификацияны құру.

Классификация (лат. classis – разряд, топ) – жалпы белгілерге негізделген көптеген организмдерді белгілі бір таксономиялық топтарға бөлу процесі. Таксономия (грек. taxis – тәртіп бойынша орналасу, заң) – организмдердің иерархиялық ретпен бөліну (жіктеу) принциптері мен әдістерін зерттейтін систематика бөлімі. Таксон – белгілі бір таксономиялық категория шеңберінде белгілі бір қасиеттері бойынша біріктірілген микроорганизмдер тобы. Сәйкестендіру (лат. identifico – теңдестіру) – зерттелетін организмнің белгілі бір таксонға жататындығын анықтау.

Феносистематика – организмдердің (фенотиптердің) сыртқы көріністерін зерттеу.

Геносистематика – организмдердің ДНҚ-сының нуклеотидтік құрамын зерттеу принципі. Зерттелетін организмдердің ұқсастығын ғана емес, туыстық дәрежесін де анықтауға мүмкіндік береді. ДНҚ-ның нуклеотидтік құрамы молекулалық пайыз G+C түрінде көрсетіледі, ол прокариоттарда кеңінен өзгереді: 24-тен (клостридия және микоплазма) 76 молекулалық пайызға дейін (актиномицеттер).

Хемотаксономия – фенотиптің қасиеттерін биохимиялық әдістермен салыстырмалы талдауға негізделген систематиканың жеке бөлімі. Бұл бағыт газ-сұйық хроматография және липидтер мен май қышқылдарының масс-спектрометриясы, ақуыздар мен изоферменттердің электрофоретикалық бөлінуі сияқты жасуша химиясын егжей-тегжейлі зерттеу әдістерін қолданумен байланысты. Филогенетикалық таксономия – әлемнің тарихи дамуы мен эволюциялық өзгерістерді есепке алу принципі.