Құрылымдық протеомика өзара әрекеттесетін ақуыздардың құрылымын және олардың дәрілік молекулалармен немесе басқа ақуыздармен, соның ішінде антиденелермен әрекеттесетін аймақтарын (сайттарын) зерттейді.