Функционалды протеомика ақуыздардың биологиялық функцияларын зерттеумен айналысады.

Протеомды зерттеу үш кезеңде жүргізіледі.

1) полиакриламидті гельдегі екі өлшемді (2D) электрофорез арқылы ақуыз қоспасын бөлу;

2) масс-спектрометрия немесе секвенирлеу арқылы гельден тазартылған жеке ақуыздарды анықтау;

3) биоинформатика әдістерін қолдану арқылы алынған деректерді сақтау, өңдеу және салыстыру.

Постгеномдық дәуірде протеомиканың маңыздылығы геномика әдістерімен ашылған гендердің экспрессиясы мен функцияларын зерттейтін протеомика әдістері болып табылады.