Селекцияның мақсаты – келесі ұрпақ беретін жануарларды таңдау және іріктеу арқылы генетикалық жетілдіру. Селекцияның бағыты мал өсірушінің іріктеу арқылы жақсартқысы келетін белгілерін көрсетеді. Асыл тұқымды мақсаттар үшін генетикалық жетілдіру (ΔG) қарқыны популяцияның генетикалық өзгергіштігіне, селекциялық критерийлердің дәлдігіне, іріктеу қарқындылығына және генерация аралығына байланысты болады. Генетикалық өзгергіштікті сақтау, қазіргі генетикалық жетілдірудің қажетті шарты болып табылады. Генетикалық өзгергіштік генетикалық дрейф арқылы төмендейді және мутациялардың арқасында артады. Сондықтан генетикалық өзгергіштікті сақтау үшін, популяцияның минималды мөлшері мутация жылдамдығымен анықталады.
Жануарлар селекциясының негізгі әдістері шағылыстыру және іріктеу болып табылады. Шағылыстырудың бірдей әдістері бар – туыстық шағылыстыру, инбридинг және туыстық емес шағылыстыру, аутбридинг. Өсімдіктердегідей инбридинг депрессияға әкеледі. Жануарларда іріктеу сыртқы түрі (сыртқы құрылысының белгілі бір параметрлері) бойынша жүзеге асырылады, өйткені ол тұқымның көрсеткіші болып табылады.
Тұқымішілік асылдандыру. Тұқымды сақтауға және жақсартуға бағытталған. Бұл іс жүзінде ең жақсы өндірушілерді іріктеуде, тұқым талаптарына сәйкес келмейтін дарақтардың жарамсызын шығарудан көрінеді. Асыл тұқымды шаруашылықтарда көптеген ұрпақтардың жануарларының тұқымын, сыртқы түрін және өнімділігін көрсететін асыл тұқымды жануарларының есептік кітабы бар.
Тұқымаралық шағылыстыру. Жаңа тұқым жасау үшін қолданылады. Сонымен қатар, олар жиі туыстық шағылыстыруды жасайды, бұл қажетті қасиеттерге ие дарақтардың көп санын алуға көмектеседі. Инбридинг қатаң, тұрақты таңдаумен бірге жүреді; әдетте бірнеше қатарлар алынады, содан кейін әртүрлі қатарлар шағылыстырылады.
Мысал ретінде академик М. Ф. Иванов өсірген шошқа тұқымы - украиналық ақ даланы алайық. Бұл тұқымды жасау кезінде салмағы аз және ет пен шошқа майының сапасы төмен, бірақ жергілікті жағдайларға жақсы бейімделген жергілікті украиндық шошқалардың тұқымы пайдаланылды. Өндірушілер ретінде ағылшын тұқымының ірі ақ шошқалары болды. Гибридті ұрпақтар қайтадан ағылшын ірі ақ шошқаларымен шағылыстырылып, бірнеше ұрпақтарда инбридинг қолданылды. Шағылыстыру кезінде жаңа тұқымның негізін салушы пайда болатын жаңа қатарлар алынды және олардың ет сапасы мен массасы бойынша ағылшын тұқымынан, төзімділігі бойынша украин шошқаларынан ерекшеленбеді.
Гетерозис әсерін қолдану. Көбінесе тұқымаралық шағылыстыру бірінші ұрпақта гетерозистің әсерін көрсетеді; гетерозисті жануарлар ерте жетілуімен және ет өнімділігінің жоғарылауымен ерекшеленеді. Мысалы, тауықтардың екі етті тұқымын шағылыстыру кезінде гетерозисті бройлер тауықтары алынады, шошқалардың беркшир мен дюрокджерсей тұқымдарын шағылыстыру кезінде ет пен шошқа майының үлкен массасы мен сапасы бар, тез жетілетін шошқалар алынады.
Ұрпақ бойынша сынақ. Олар кейбір қасиеттерді көрсетпейтін жануар таңдау үшін жүзеге асырылады (бұқалардың «сүттілігі мен қою сүттілігі», әтештердің «жұмыртқа салғыштығы»). Ол үшін еркек өндірушілерін бірнеше аналықпен шағылыстырады, олардың өнімділігі мен басқа да қасиеттерін бағалайды, оларды аналықтармен және орташа тұқыммен салыстырады.
Қолдан ұрықтандыру. Ең жақсы еркек өндірушілерден ұрпақ алу үшін қолданылады, әсіресе жыныс жасушаларын кез-келген уақытта сұйық азот температурасында сақтауға болады.
Гормоналды суперовуляция және эмбриондарды трансплантациялау. Бұл әдіс арқылы сиырлардан жылына ондаған эмбриондарды алуға болады, содан кейін оларды басқа сиырларға имплантациялауға болады; эмбриондар сұйық азот температурасында да сақталады. Бұл жақсы өндірушілердің ұрпақтарының санын бірнеше есе көбейтуге мүмкіндік береді.
Алыстан шағылыстыру. Түраралық шағылыстыру ежелгі заманнан бері белгілі. Көбінесе түр аралық будандар стерильді (мейоздың бұзылуы және нәтижесінде гаметогенездің болмауы) болып келеді. Ежелгі заманнан бері адам төзімділік пен ұзақ тіршілік етуімен ерекшеленетін қашырды – есек пен биенің гибридін қолданады. Бірақ кейде алыс будандардағы гаметогенез қалыпты түрде жүреді, бұл жануарлардың жаңа құнды тұқымдарын алуға мүмкіндік берді. Мысал ретінде арқар-мериностарды келтіруге болады, олар арқарлар сияқты тауларда жоғары жайылып, меринос сияқты биязы жүнді болады. Жергілікті ірі қара малды қодаспен (як) және өркешті сиырмен (зебу) шағылыстырудан өсімтал будандар алынды. Қортпа (белуга) мен сүйрікті (стерлядь) шағылыстыру кезінде өсімтал гибрид – будан балық (бестер), күзен (хорек) және қара күзен (норка) – хонорик гибриді, тұқы мен мөңке балықтары арасындағы гибрид өнімді болады.