Биоәртүрлілікті сақтаудың ең танымал жолы – ерекше қорғалатын табиғи аумақтарды (бұдан әрі – ЕҚТА) құру. Бұл мемлекеттік билік органдарының шешімдерімен шаруашылық пайдаланудан толық немесе ішінара алынған және олар үшін ерекше қорғау режимі белгіленген, табиғатты қорғау, ғылыми, мәдени, эстетикалық, рекреациялық және сауықтыру маңызы бар, табиғи кешендер мен объектілер орналасқан жер, су бетінің және олардың үстіндегі әуе кеңістігінің учаскелері. ЕҚТА-ның мынадай санаттары бар: мемлекеттік табиғи қорықтар, оның ішінде биосфералық қорықтар; ұлттық саябақтар; табиғи саябақтар; мемлекеттік табиғи қорықшалар; табиғат ескерткіштері; дендрологиялық саябақтар мен ботаникалық бақтар; емдік-сауықтыру орындары мен курорттар.

Қорық аумағының дәрежесі қорғалатын объектілердің ғылыми маңыздылығымен және оның ауданымен анықталады. Қорық аумағын бөлу кезінде, көбінесе үш қағида басшылыққа алынады. Біріншіден, бұл бірегейлік, сондықтан эндемиктер тіршілік ететін аумаққа жоғары мәртебе беріледі. Екіншіден, жойылу алдында тұрған түрлердің болуымен байланысты осалдық анықталады. Үшіншіден, пайдалылығы белгіленеді, яғни аумақта адам үшін құнды түрлердің болуы (мысалы, селекция үшін) немесе учаскелердің экономикалық құндылығы анықталады.

ЕҚТА ұйымы биологиялық алуантүрлілікті сақтаудың бірқатар принциптерін жүзеге асыруы керек, өйткені әртүрлі деңгейдегі биожүйелер әртүрлі құрылымдық-функционалдық ұйымдастырылумен және даму заңдарымен сипатталады. Биоалуантүрлілік объектілерінің иерархиялық құрылымын есепке алу принципі осыдан шығады: организм, популяция, түр, қауымдастық, экожүйе, жаһандық экожүйе ретіндегі аумақтық-түйіндес экожүйелер кешені мен биосфера.

Организмдік принцип организмдердің ортада өздігінен өмір сүретін, тіршіліктің ең кіші бірлігі ретінде тұқым қуалайтын ақпараттың тасымалдаушысы болуымен байланысты. Бұл саладағы негізгі міндеттер – организмдерді сақтау және олардың көбеюін қамтамасыз ету. Қалыпты тіршілік ету үшін үлкен кеңістікті қажет ететін, ірі көлемді организмдерге ерекше назар аудару керек. Мұндай организмдер, шектеулі аумаққа байланысты, бұнда жеке өкілдермен ұсынылуы мүмкін.

Популяция принципі популяциялар түрдің тіршілік ету формасы, бірегей генофондқа ие эволюциялық процестің қарапайым бірліктері болып табылатындығына байланысты. Негізгі міндеттері – табиғи популяциялардың саны мен ауқымын сақтау немесе қалпына келтіру, популяция ішіндегі генетикалық әртүрлілікті және популяцияның генетикалық бірегейлігін, оның құрылымының әртүрлілігін сақтау. Сонымен қатар, популяция саны өте маңызды, өйткені оның азаюы популяцияның кездейсоқ жойылу ықтималдығын арттырады және популяция ішіндегі генетикалық әртүрліліктің төмендеуін тудырады. Бұл бағыттағы жұмыс қамтиды: сирек кездесетін және құрып кету қаупі төнген түрлердің популяциясын сақтау; пайдаланылатын түрлердің популяциясын аулауды реттеу; тіршілік ету ортасын сақтау және қалпына келтіру, биотоптарды реконструкциялау; ерекше қорғалатын учаскелердегі популяцияларды қорғау; инженерлік құрылыстарда, ағаш дайындауда, мелиорациялық және басқа да антропогендік әсерлер кезінде түрлерді өлімнен қорғау жөніндегі, технологиялық және ұйымдастырушылық шараларды ұйымдастыру.

Түр принципі түрдің бірегей генофондқа ие және өзара байланысты жергілікті популяциялар, түрішілік формалар мен түр тармақтар жүйесін қамтитын ең кіші генетикалық жабық жүйе екенін ескереді. Негізгі міндеттері – түрлердің саны мен ареалын, түрдің кеңістіктік-генетикалық популяциялық құрылымын, популяциялардың алуантүрлілігін, түрішілік формаларын сақтау. Түрдің кеңістіктік-генетикалық құрылымын сақтау үшін, бұзылмаған табиғи популяцияларға тән популяциялар мен формалардың оқшаулану дәрежесін сақтау қажет. Популяциялардың оқшаулануы да, олардың арасындағы табиғи кедергілердің жойылуы да, олардың жасанды араласуы да теріс әсерге ие. Бұл бағыттағы жұмыс қамтиды: сирек кездесетін және құрып кету қаупі төнген түрлерді сақтау; пайдаланылатын түрлердің кәсіпшілігін реттеу; түрлердің мекендеу ортасын сақтау және қалпына келтіру, биотоптарды реконструкциялау; ерекше қорғалатын табиғи аумақтардағы түрлерді қорғау; жоғалған популяцияларды қайта құру.

Биоценотикалық принцип табиғаттағы түрлердің қауымдастық түрінде басқа түрлермен тығыз функционалды байланыста болуымен сипатталады. Бұл саладағы негізгі міндеттер – қауымдастықтарды сақтау және қалпына келтіру, олардың түрлерінің алуантүрлілігін сақтау, құрамы мен құрылымын қалыптастырудың табиғи процестерін қолдау. Түрлердің жойылуы мен түрлер алуантүрлілігінің төмендеуі қауымдастықтардың құлдырауына әкеледі. Бөтен түрлер өздігінен қоныстану арқылы да, адам интродукциясы арқылы да қауымдастыққа енуі, табиғи қауымдастықтардың құрылымын бұзуы мүмкін. Сақтау әдістері: қауымдастықтардағы антропогендік жүктемені, сондай-ақ қауымдастықтардың құрамы мен құрылымын бақылау және реттеу. Қауымдастықтардың тұрақты тіршілік етуі үшін, алуантүрлі түрлер санының тән арақатынасын, сондай-ақ ценотикалық байланыстар құрылымын қоса алғанда, оларға тән түрлік құрамды сақтау қажет; табиғи экожүйелерден алынатын организмдердің түрлік құрамын бақылау және реттеу; биоценоздардан жойылып кеткен түрлерді реинтродукциялау (егер құрылым елеулі өзгерістерге ұшырамаса); бөтен түрлердің өздігінен қоныстануын және акклиматизациясын бақылау және реттеу; биоценоздарды қалпына келтіру.

Экожүйе принципі функционалды өзара байланысты организмдердің (биоценоз) және олар тіршілік ететін ортаның абиотикалық компоненттерінің жиынтығы біртұтас жүйені (экожүйені) құрайтынын сипаттайды. Бұл бағыттағы негізгі міндеттер – табиғи экожүйелерді сақтау және қалпына келтіру, олардың қоршаған ортаны қалыптастыру функцияларын қолдау. Организмдердің түрлері мен қауымдастықтарын толыққанды және ұзақ мерзімді сақтау, оларға тән абиотикалық ортаны сақтай отырып, тек табиғи экожүйелердің бөлігі ретінде сақтау мүмкін болады. Экожүйелердің қалыпты тіршілігі мен дамуы сукцессиялық кезеңдердің тұрақты өзгеруін білдіреді. Экожүйелерді сақтау сукцессияның әртүрлі кезеңдерін білдіретін, қауымдастықтардың әртүрлілігін сақтау арқылы ғана қамтамасыз етілуі мүмкін. Экожүйелердің буферлік шегіндегі аумақтарды пайдалануды бақылау және реттеу, әртүрлі қорғау режимі бар ерекше қорғалатын табиғи аумақтарды құру; биоценоздар мен экожүйелерді сақтау және қалпына келтіру шарты ретінде биотоптарды сақтау және қалпына келтіру; табиғи-мәдени кешендерді сақтау үшін, қажетті дәстүрлі шаруашылық қызметті қолдау қажет.

Биоалуантүрлілікті сақтау үшін табиғатты қорғау стратегиясын қалыптастыруда, экожүйелердің ерекшелігі үлкен рөл ойнайды. Мысалы, су объектілерімен байланысты сирек кездесетін түрлердің сақталуы, олардың экологиялық ерекшеліктерінің алуантүрлілігімен, соның ішінде бірнеше биотоптарға тәуелділігімен немесе алыс миграцияларымен қиындайды. Жекелеген мекендеу орындарында сирек кездесетін түрлерді жергілікті сақтау әрекеттері тиімсіз екенін және өзгерістер жалпы су экожүйесіне әсер ететінін атап өткен жөн. Онымен қоса, географиялық аймақтардың гидрологиялық желілері магистральдық су жолдарымен байланыса, инвазиялық «дәліздерді» қалыптастырады және биоалуантүрлілікті сақтауға қосымша қауіп төндіреді. Сонымен қатар, дамыған гидрографиялық желі организмдер үшін миграция жолдарын қамтамасыз етіп қана қоймайды, сонымен қатар биотоптардың алуантүрлілігін тудырады, ол өз кезегінде биоалуантүрліліктің жоғарылауына ықпал етеді. Су жүйелерінің ерекшелігі – олардың айқын құрылымдық-функционалдық иерархиясы. Бұл қатты фаза мен судың шекарасындағы (түбі, жағалауы, мұз жиегі, өсімдік және басқа су асты субстраттары) биоалуантүрлілікті сақтау үшін, экотондардың маңыздылығына, көлденең және тігінен су қалыңдығының құрылымына, жағалаудағы өсімдік белдеулеріне қатысты.

Су экожүйелері жағалаудағы және су маңындағы қауымдастықтарды, жайылма және батпақты экожүйелерді құруда негізгі рөл атқарады. Олар организмдердің әртүрлі жүйелі және экологиялық топтарының (микроорганизмдер, саңырауқұлақтар, өсімдіктер, жануарлар) тіршілік ету ортасымен шектеседі, бұл биоалуантүрлілікті сақтау үшін, су экожүйелерінің сапасын сақтаудың өзектілігін анықтайды. Су объектілерін организмдер өмір бойы немесе онтогенездің белгілі бір кезеңінде, тұрақты немесе уақытша тіршілік ету ортасы ретінде қолданады. Олармен өсімдіктер белдеулерінің өзгеруі, гетеротопия, қоныс аудару, миграция, көбею, ұя салу, қоректену, баспаналарды пайдалану құбылыстары байланысты. Су организмдерінен басқа (балдырлар, судың жоғары сатыдағы өсімдіктері, қарапайымдылар, омыртқасыздар, дөңгелек ауыздылар және балықтар), қосмекенді өсімдік пен жануарлар тобы, су маңы, қоныс аударушы, тіршілік кезеңі су объектілерімен байланысты омыртқалылар тіршілік етеді.

Алайда, өзін-өзі қоныстандыру мен инвазияның, паразиттік жүйелердің (құстар – паразиттер) болуына және балық шаруашылығының жұмыс істеуіне байланысты, су экожүйелеріндегі биоалуантүрлілікті сақтаудың көптеген мәселелері популяция деңгейінде шешілмейді Жердегі экожүйелерден айырмашылығы, су экожүйелері антропогендік әсерден оқшаулану үшін әлдеқайда аз мүмкіндіктерімен ерекшеленеді. Су жануарлары қоршаған ортамен тікелей байланыста болады, су ластануды ұзақ қашықтыққа тасымалдайды, ал топырақ токсиканттарды жинайды. Әсіресе жағдайды су қоймалар күйінің кең су жинағыштарға, жағалаулардың игерілуіне тәуелділігі ауырлатады. Су қоймаларының экономикалық көп қырлы маңыздылығы, оларға қоныстардың дәстүрлі жақын орналасуы, олардың шаруашылық пайдаланудан шығарылуын қиындатады.

Су объектілерінің қазіргі жағдайы оларды «сауықтыру», су алаптарына жүктемені азайту, оларды қорғау бойынша іс-шаралар кешенін жүргізу қажеттілігін туғызып отыр. Қорғау шараларын оңтайландыру организмдердің биологиялық және экологиялық ерекшеліктерін, сондай-ақ аумақты шаруашылықта пайдалануын ескеруі кажет. Өзен аңғарларына ерекше назар аудару керек, себебі көптеген интразональды түрлер осы жолдар арқылы арқылы аумаққа енеді. Шағын өзендерде резерваттар құру, ЕҚТА құрамына ұя салатын жерлерді, уылдырық шашатын жерлерді, бірқатар су қорғау аймақтарын, сондай-ақ су айдындарын қосу, оны түзету талап етіледі.

Қызыл кітапқа сирек кездесетін балық түрлерін енгізу, олардың популяция құрылымын және генетикалық полиморфизмін, экожүйелердің күйін сақтамай, олардың сақталуына кепілдік бермейді. Түрдің осалдығын тіршілік ету ортасының бұзылуымен байланыстыру, биоалуантүрлілікті сақтау мәселесіне экожүйелік көзқарасты, яғни түрді сақтау үшін экожүйелерді сақтауды білдіреді. Бұл әсіресе су экожүйелерінің айқын локализациясы аясында нақты көрінеді, мұнда қарқынды антропогендік трансформация түрді осал санатқа тез аудара алады. Биотикалық қатынастардың өзгеруі арқылы эвтрофиялау кезінде сукцессиялардың үдеуі каскадты өзара әрекеттесу механизмін қосады, бұл түрлердің тұтас кешенін сирек кездесетін санатқа аударуы мүмкін.

Балық популяциясын қалпына келтіру ең қиын мәселеге жатады, өйткені жасанды түрде өсірілген материалмен немесе басқа су қоймасында ауланған балықтармен суға сәтті балық жіберу, түпкілікті нәтижеге – жойылып бара жатқан түрді қалпына келтіруге кепілдік бермейді (Болотова, 1997). Популяция санының төмендеуінің негізгі себебін жою керек, бұл әдетте тіршілік ету ортасының нашарлауы болып табылады. Бақылау шараларын қатаңдату арқылы, артық балық аулаудың салдарын жоюға қарағанда, су объектісін «сауықтыру» әлдеқайда қиын мәселе болып табылады. Сонымен қатар, материалдарды қолдан өсіру кезінде генетикалық алуантүрліліктің төмендеуі байқалады және популяциялардың полиморфизмінің төмендеуі, олардың тұрақсыздығына және табиғи жағдайда ығыстырылуына әкеледі, бұл балық өсіру зауыттарының көптеген онжылдықтардағы тәжірибесінен көрінеді. Басқа су объектілеріне енгізу арқылы, жойылып бара жатқан балық түрлерін құтқару жолы эндемикалық тіршілік формаларына жарамайды, өйткені олардың ерекшеліктері нақты су қоймаларының ерекшеліктеріне байланысты қалыптасты.

Биоалуантүрлілікті сақтау үшін, «негізгі» табиғи нысандар ретінде экожүйелерді қорғау, аумақтың ландшафттық құрылымының әртүрлі иерархиялық деңгейлерінде жүзеге асырылуы мүмкін. Өкінішке орай, ұлттық және аймақтық биоалуантүрлілікті қорғау схемаларының көпшілігі негізінен аймақтық экожүйелерді сақтауға бағытталған. Су жинау экожүйелерінің аумақтық-түйіскен кешендерін қорғауға айтарлықтай аз көңіл бөлінеді.

Аумақтық принцип және оны ЕҚТА ұйымдастыруда қолдану, аумақтық-түйісу табиғи кешені өзара байланысты экожүйелерден тұратындығына және физикалық-географиялық жағдайлары мен даму тарихы бойынша біртұтас аумақ шегінде қалыптасатындығына байланысты. Негізгі міндеттері:

- экожүйелердің аумақтық кешендерін, олардың әртүрлілігін сақтау;

- биоалуантүрлілікті сақтау міндетін ескере отырып, аумақтық жоспарлау;

- биоалуантүрлілікті сақтау және орнықты пайдалану жөніндегі шараларды жоспарлау;

- әртүрлі қорғау режимі бар ерекше қорғалатын табиғи және тарихи-мәдени аумақтар желісін құру және дамыту қажет.

Биосфералық принцип түрлер мен экожүйелердің әртүрлілігі биосфералық процестердің сақталуын және биосфераның біртұтас экожүйе ретінде жұмыс істеуін қамтамасыз етеді. Бұл саладағы негізгі міндеттер – ғаламдық экожүйені, ғаламдық түрлердің алуантүрлілігін және ғаламдық экожүйелердің алуантүрлілігін сақтау.

ЮНЕСКО мен ХТҚО қамқорлығымен 1976 жылдан бастап, биосфералық резерваттар (биосфералық қорықтар) желісі қалыптаса бастады, оның міндеті әлемнің барлық биомалары мен биогеографиялық провинцияларының репрезентативті  учаскелерін сақтау және фондық экологиялық мониторингтің бірыңғай бағдарламасы бойынша ғылыми зерттеулер жүргізу болып табылады.

Халықаралық деңгейде қорық ісінің дамуына 2004 жылы Биологиялық алуантүрлілік жөніндегі Конвенция Тараптарының VII конференциясында қабылданған Қорғалатын табиғи аумақтар бойынша жұмыс бағдарламасы ықпал етті.

Биоалуантүрлілікті сақтаудағы мәдени ландшафттардың рөлін бағалау, ЕҚТА жүйесіндегі табиғи-мәдени мұраны қоса сақтау, іс жүзінде дамымаған мәселе болып табылады.

ЕҚТА құру мақсаты жергілікті деңгейде антропогендік әсерді төмендету болып табылады, бірақ ластаушы заттардың әуе эмиссиясынан, кең өзен бассейндеріндегі трансшекаралық процестерден, жаһандық климаттың өзгеруінен туындаған қауіптерді жоймайды.

ЕҚТА құру – бұл түрлердің тіршілік ету ортасын сақтауға бағытталған алғашқы заңнамалық негізделген қадам, содан кейін қорық аумағының толыққанды жұмыс істеу проблемалары туындайды.