Өсімдік селекциясындағы генотиптік өзгергіштікті басқарудың заманауи тәсілдері жоғары организмдердің бейімделу әлеуетінің қалыптасуы мен жұмыс істеу ерекшеліктері туралы экологиялық генетиканың ережелеріне негізделген. Мысалы, гүлді өсімдіктердегі мутациялар мен рекомбинациялардың рөліне; құрылымдық ұйымның генетикалық табиғаты мен сандық белгілердің әрекет етуіне; өсімдікке мендельдеуші белгілердің гендері – дән қапшығы ретінде емес, ядро мен цитоплазманың (бүкіл идиотип) генетикалық детерминанттарының интеграцияланған жүйесі ретінде; таңдау факторлары (ажырату функциясы) ретінде ғана емес, сонымен қатар организмдердің мутациялық және рекомбинациялық өзгергіштігінің индукторлары ретінде әрекет ететін, сыртқы ортаның абиотикалық және биотикалық жағдайларының рөліне түбегейлі жаңа көзқарастарды жатқызуға болады. Осылайша, конституциялық және бейімделу белгілерінің «тізілімі» ретінде жоғары өсімдіктердің онтогенетикалық бейімделуі, будандастыру кезінде белгілердің еркін үйлесуі, яғни генотиптік шексіз өзгергіштігі мен оның жеткіліктілігі туралы, генофондты экологиялық пассивтілік жағдайында сақтау мүмкіндіктері туралы («Эрмитаж», «Нұх кемесі» принципі бойынша) және т. б. бойынша түсініктердің қанағаттандырмайтыны туралы сөз болыр отыр. Түр геномының тұтастығы (көптеген аспектілерде және сорттарда) генетикалық өзгергіштік процестерін канализациялайтын және рекомбинанттардың табиғи және жасанды сұрыпталу спектрін шектейтін (әсіресе интрогрессивті және трансгрессивті) генетикалық жүйелер каскадымен қорғалғаны дәлелденген деп санауға болады. Басқаша айтқанда, жоғары эукариотар генофондының status quo сандық және сапалық жағынан көптеген механизмдермен қамтамасыз етіледі. Генетикалық өзгерістің канализациялау рөлі, әрине, табиғи эволюцияда салыстырмалы, бірақ селекцияда маңызды болып табылады, мұнда өнімділігі жоғары және экономикалық құнды белгілер кешенінен тұратын өсімдіктердің жаңа сорттарын құруға бірнеше жылдар ғана бөлінеді. Әрине, біз дәстүрлі селекциялық әдістер арқылы қамтамасыз етілетін, генетикалық өзгергіштікті толық пайдаланудан әлі алыспыз. Алайда, мәдени өсімдіктердің генотиптік өзгергіштігін таңдауға болатын спектрді кеңейту және сапалы өзгертуқажеттілігі айқын және шұғыл болды.

Қазіргі уақытта генетикалық инженерия мәселелері бойынша пікірталастарда генетикалық түрлендірілген организмдердің (бұдан әрі – ГТО) және олардан алынатын өнімдердің тағамдық қауіпсіздігін бағалау критерийлеріне, көрсеткіштеріне және әдістеріне баса назар аударылады. Сонымен қатар, ГТО эволюциялық, биологиялық және экологиялық қауіпсіздігіне баса назар аудару керек. Санитарлық-гигиеналық және медициналық-биологиялық сараптама маңызды болғанымен, адамның еркімен басқарылатын организмдер эволюциясына қатысты болса, ол тек көмекші рөл атқарады. Сонымен қатар, аштық қаупін жалпы биоинженерия мен генетикалық инженерияның нақты мүмкіндіктерімен, атап айтқанда, алдағы кезеңде халықтың азық-түлік қауіпсіздігін қамтамасыз етумен байланыстыру керек.

Гендік инженерия – өте маңызды болғанымен, селекциялық тәжірибеде кеңінен қолданылатын, организмдердің генетикалық өзгергіштігін басқаратын, көптеген әдістердің бірі ғана. Егер қазіргі уақытта трансгенді сорттардың саны ондап есептелсе, онда жай түрлер он мыңдап есептелінеді және олар 150 емес, 5 мыңнан астам мәдени өсімдік түрлерін қамтиды. Дәстүрлі селекцияның міндеттері едәуір кең: олар өнімді ғана емес, қоршаған ортаны жақсарту бағыттарын, сондай-ақ мәдениетке жаңа түрлерді енгізуді қамтиды. Соңында, қазіргі заманғы селекциялық әдістер бір уақытта ондаған белгілерді, соның ішінде полигендік белгілерді басқаруға мүмкіндік береді, ал трансгеноз мүмкіндіктері дара гендермен шектеледі.

Адамның ақыл-ойының керемет жетістігі – генетикалық инженерия қиял мен асыра сілтеуді қажет етпейді, себебі олар өз кезегінде гендік түрлендірілген (бұдан әрі – ГТ) өсімдіктер мен жануарларынан жасалған өнімдерді пайдалану кезіндегі адамдардың сенімсіздік сезімін арттырады. Таксономиялық тұрғыдан алыс организмдер (әртүрлі патшалықтарға, туыстарға, тұқымдастықтарға және түрлерге жататын) арасында тұқым қуалайтын ақпаратты берумен байланысты түбегейлі жаңа мүмкіндіктермен қатар, гендік инженерияның әдістері заманауи өсімдік өсіру технологиясына интеграцияланудың бағыттар саны үнемі артып отырады.